Der Atari MegaSTE wurde im Jahr 1991 als semi-professionelle Variante des Atari 1040 STE eingeführt um den technisch überholten MegaST abzulösen und einen Kompromiss zwischen dem günstigen 1040 STE und dem teuren High-End-Modell TT anbieten zu können. Gegenüber dem 1040 STE wurde der MegaSTE in folgenden technischen Eigenschaften weiterentwickelt:
Während der MegaSTE technisch auf dem 1040 STE basierte wurde das - recht eigenwillige - Gehäuse vom TT übernommen, allerdings wie alle ST-Computer mausgrau gefärbt. Einerseits verfügte der MegaSTE damit über eine exzellente abgesetzte Tastatur, Platz für interne Erweiterungen und konnte problemlos unter dem Monitor platziert werden, andererseits fehlten dem MegaSTE dadurch die erweiterten Joystick-Anschlüsse des 1040 STE. Dafür verfügte er, im Gegensatz zum TT, über einen HF-Modulator zum Anschluss an einen Fernseher.
Die frühen Modelle wurden mit einem DD-Diskettenlaufwerk und TOS 2.05 ausgeliefert, das ein überarbeitetes Desktop, Tastaturkürzel, nachladbare Icons und frei platzierbare Verknüpfungen bot. Auf Diskette war außerdem das modulare Kontrollfeld "XControl" enthalten.
Spätere Modelle enthielten TOS 2.06 und wurden meist vom Händler mit einem HD-Diskettenlaufwerk ausgerüstet. Eine interne DIP-Schalterleiste ermöglichte das Konfigurieren des Rechners, so dass das Betriebssystem im Dialog "Diskette formatieren" dann auch die "Hohe Speicherdichte" anbot.
Der Atari-eigene Hostadapter zum Betrieb einer internen Festplatte war primär für die von Atari selbstangeboteten 48-MiB- und 80-MiB-Laufwerke gedacht und war nicht für den Anschluss von externen Festplatten geeignet, so dass einige Händler recht früh eigene SCSI-Adapter anboten.
Aufgrund seiner recht bescheidenen Leistungsdaten - insbesondere im Vergleich zu den Anfang der 90er Jahre aufkommenden 80386- und 80486-basierten PCs - fiel der Preis des Atari MegaSTE bereits kurz nach dessen Einführung. Kurzzeitig schien er sich im semi-professionellen und privaten Umfeld als günstiges Arbeitstier zu etablieren, z.B. zur Textverarbeitung, DTP und, dank den integrierten MIDI-Schnittstellen, Musikerzeugung. Doch mit der Etablierung von Microsoft Windows als De-facto-Standard für Computer verschwand auch der MegaSTE vom Markt.
Mit Hilfe von Emulatoren wie z.B. STEEM Engine oder Hatari kann ein großer Teil der Software, die für den MegaSTE entwickelt wurde, auf heutigen Computern verwendet werden: http://steem.atari.org oder http://hatari.sourceforge.net.